修正申告、法人税の場合。。

一般的に税務調査や確定申告・修正申告など税に関する事はプロにお任せされてる法人がほとんどみたいですね。
たとえ申し出まで自分で出来たとしても後で修正したりするにはまた知識を要します。
法人（会社など）のように規模が大きかったり組織が複雑だと一つの金額を計算するのも容易ではありません。
そもそも修正を必要とするくらい税に関しては難しい事が多いのです。
最初から何でも理解しわかっていればいいのですが税金って奥が深すぎますね。。

例えば法人税の修正申告を行えば住民税と事業税の修正申告もすることになります。
（双方の項目などが複雑に関係しているため）
その際、国税と同じように地方税でも、ペナルティーとして加算金（過少申告加算金、不申告加算金、重加算金）と延滞金が課せられるのです。

ただ直せばいいという問題ではなく、正しく対処していかなければ予期せぬ出費に見舞われることもあるのです。
法人税に限ったことではありませんが、その道の専門家の手を借りるのが正しい納税の一番の近道かもしれませんね。